Susunan organisasi STEBIA Bangkalan terdiri dari:
1. Badan Penyelenggara dan Pengelola
2. Pimpinan STEBIA BANGKALAN
3. Senat STEBIA BANGKALAN
4. Ketua Program Studi
5. Lembaga Penjaminan Mutu
6. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
7. Kepala Bagian
8. Ketua unit